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解刚才

发布日期:2018-03-17 09:41 发布作者:生殖医学研究院 阅读次数: 字号:[ ]


个人介绍: 解刚才,教授,南通大学高层次引进人才。主要从事基于高通量测序技术的分子调控机制研究和相关算法软件开发与应用。本科毕业于中国科学技术大学生物学系,博士毕业于中科院上海生命科学院计算生物学研究所,师从计算生物所所长、外专千人PhilippKhaitovich教授。曾以访问学者身份在德国柏林马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心(MDC)从事基于高通量测序技术的人肿瘤干细胞、人胚胎干细胞、罕见疾病等生物医学领域的分子机制研究。以及曾以博士后身份在美国纽约哥伦比亚大学医学院(CUMC)以及费城儿童医院(CHOP)从事电子病历和肿瘤领域深度学习应用等研究工作。研究工作发表于Nature, CellStem Cell, Plos Biology, Genome Biology, The American Journal of Human Genetics等高影响因子期刊。已发表研究论文九篇,其中三篇研究论文谷歌学术引用率超过150,总引用率超过600,平均影响因子高于10。

联系方式:邮箱: gcxiester@gmail.com

教育经历:

2008.09-2015.01 中科院上海生命科学院 计算生物学 博士

2004.09-2008.07 中国科学技术大学生物学专业 学士

工作经历:

2017.12-2018.08 美国费城儿童医院Postdoctoral Fellow

2017.07-2017.12美国哥伦比亚大学医学院博士后

2010.10-2012.10德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心 访问学者

研究方向

人生殖以及胚胎早期发育相关转座子调控机制研究主要研究占比人类基因组接近一半的转座子(transposable elements)重复片段在人生殖细胞以及胚胎早期发育阶段细胞中的活跃调控机制。

深度学习在生物医学领域的应用:过去几年,深度学习技术不断在图片识别、自动驾驶、语音识别等领域取得突破,同时高通量测序技术、电子病历等相关技术的发展为生物医学领域提供了海量数据。我们的工作主要应用深度学习算法整合现有生物医学大数据,为罕见疾病、慢性疾病等疾病的诊断和治疗提供更有效的途径。

单细胞测序相关算法与软件开发:开发基于scRNA-seq, sci-ATAC-seq技术的算法与软件,同时将其应用于人类生殖相关疾病及生殖细胞发育过程、人类胚胎早期发育、血管再生等领域生物学问题的研究。

代表性论文

Jung Hoon Son*, Gangcai Xie*, Chi Yuan, Lyudmila Ena, Ziran Li, Andrew Goldstein, Lulin Huang, Liwei Wang, Feichen Shen, Hongfang Liu, Karla Mehl, Emily E Groopman, Maddalena Marasa, Krzysztof Kiryluk, Ali G Gharavi, Wendy K Chung, George Hripcsak, Carol Friedman, Chunhua Weng, Kai Wang.Deep phenotyping on electronic health records facilitates genetic diagnosis by clinical exomes. The American Journal of Human Genetics, 2018 (* 相同贡献)

Wang Jichang*, Xie Gangcai*, Singh M, Ghanbarian AT,Raskó T, Szvetnik A, Cai H, Besser D,Prigione A, Fuchs NV, Schumann GG, Chen W,Lorincz MC, Ivics Z, Hurst LD, Izsvák Z. Primate-specific endogenousretrovirus-driven transcription defines naive-like stem cells. Nature. 2014. (* 相同贡献)

Hu W, Qiu B,Guan W, Wang Q, Wang M, Li W, Gao L, Shen L, Huang Y, Xie Gangcai, Zhao H, Jin Y, Tang B, Yu Y, Zhao J, Pei G. DirectConversion of Normal and Direct conversion of normal and Alzheimer’s diseasehuman fibroblasts into neuronal cells by small molecules. Cell Stem Cell. 2015.

Wei YN, Hu HY, Xie Gangcai, Fu N, Ning ZB, Zeng R,Khaitovich P. Transcript and protein expression decoupling reveals RNA bindingproteins and miRNAs as potential modulators of human aging. Genome Biology. 2015.

Somel M, Liu X,Tang L, Yan Z, Hu H, Guo S, Jiang X, Zhang X, Xu G, Xie Gangcai, Li N, Hu Y, Chen W, P??bo S, Khaitovich P.MicroRNA-driven developmental remodeling in the brain distinguishes humans fromother primates. PLoS Biology. 2011.

Bertelsen B,Nazaryan-Petersen L, Sun W, Mehrjouy MM,Xie Gangcai, Chen W, Hjermind LE, Taschner PE, Tümer Z. A germlinechromothripsis event stably segregating in 11 individuals through threegenerations. Genetics in Medicine.2016.

Bertelsen B,Melchior L, Jensen LR, Groth C, Nazaryan L, Debes NM, Skov L, Xie Gangcai, Sun W, Br?ndum-Nielsen K,Kuss AW, Chen W, Tümer Z. A t(3;9)(q25.1;q34.3) translocation leading to OLFM1fusion transcripts in Gilles de la Tourette syndrome, OCD and ADHD. Psychiatry Research. 2015.

He Z, Bammann H,Han D, Xie Gangcai, Khaitovich P.Conserved expression of lincRNA during human and macaque prefrontal cortexdevelopment and maturation. RNA.2014.

Xianbin Su, YiShi, Xin Zou, Zhao-Ning Lu, Xie Gangcai,Jean YH Yang, Chong-Chao Wu, Xiao-Fang Cui, Kun-Yan He, Qing Luo, Yu-Lan Qu, NaWang, Lan Wang, Ze-Guang Han. Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamictrajectories during mouse liver development. BMC Genomics. 2017.



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